Rovnako ako glukozamín, je  aj chondroitín stavebným kameňom chrupavky. Taktiež napomáha prevencii rozpadu chrupavky pri osteoartritíde. Mnohé klinické štúdie zistili, že chondroitín môže u ľudí s osteoartrózou znižovať bolesť a stuhnutosť kĺbov. V tomto výskume až 53% respondentov odpovedalo, že pociťujú vďaka pravidelnému užívaniu chondroitínu zníženie bolesti kolena až o 20%.

Chondroitín sulfát má mnoho priaznivých účinkov pre naše kĺby. Napomáha k regenerácii chrupavky a to tým, že chrupavky nemajú cievy, cez ktoré by boli vyživované. Ich výživu telo zabezpečuje cez synoviálnu tekutinu. Spolu s dostatočným prísunom vitamínu C chondroitín sulfát zabezpečuje stabilizáciu kolagénu (vláknitého proteínu), ktorý je podstatný pre tvorbu substancie chrupavky. Spôsob, akým pomáha chondroitín riešiť bolesť kĺbov, spočíva v zlepšovaní prieniku živín cez základnú hmotu až do buniek v chrupavke. Okrem toho, chondroitín sulfát chráni kĺby pred opotrebovaním tak, že zabraňuje aktivite enzýmov, ktoré odbúravajú tkanivo chrupavky. V prípade, že človek nemá v tele dostatok chondroitínu, dochádza k nedostatočnému zásobovaniu chrupavkových buniek, čoho výsledkom sú degenerované a poškodené bunky. Chrupavka stráca pružnosť a tiež základnú vlastnosť – odolávaniu nárazom.